République Algérienne Démocratique et Populaire
Ministère de la Santé de la Population et de la Réforme Hospitalière

الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية
وزارة الصحة والسكان واصلاح المستشفيات

 

1er Cours de Bio-informatique à l’Institut Pasteur d’Algérie Du 29 Avril au 03 Mai 2018

Ce cours, organisé par le Laboratoire d’Eco-épidémiologie Parasitaire et Génétique des populations de l’institut Pasteur d’Algérie en collaboration avec l’institut Pasteur de Tunis, avait pour but de permettre aux participants de s’initier aux méthodes et outils de Bio-informatique avec des exercices pratiques à l’appui, pour permettre aux apprenants de se familiariser avec les analyses de séquences obtenues par séquençage classique et NGS. Ce cours sera le premier d’une série visant une formation continue en Bio-informatique à l’IPA.

Le cours a été assuré par Mme Emna Harigua, PhD et Mr Oussama Souiai, PhD de l'Institut Pasteur de Tunis.

Emna Harigua, PhD Docteur en Bioinformatique, spécialisée dans le “Computer-aided Drug Discovery and Design”. Ingénieur de formation et titulaire d’un diplôme de master, elle a un  cursus universitaire multi-disciplinaire. Elle a effectué ses études doctorales au sein du l’Unité de Bioinformatique Structurale de l’Institut Pasteur (Paris), sous la direction du Pr. Michael Nilges et en collaboration avec le laboratoire de Dr. Ikram Guizani à l’Institut Pasteur de Tunis. Elle est lauréate du programme “For Women In Science” de l’Unesco-L’Oréal – promotion 2012, et lauréate du programme “LMIC Trainee Fellowship” 2016 de l’American Society of Tropical Medecine & Hygiene.Ses principaux axes de recherche actuels portent sur la génomique structurale et l’identification de nouvelles molécules anti-Leishmania. Ainsi que sur des études épidémiologiques sur les leishmanioses dans la région MENA à travers le développement d’outils de gestion (bases de données) et d’analyses statistiques de données. Elle est aussi “data scientist” avec une expertise dans le domaine de la “big data”.

Oussama Souiai, PhD Docteur en Bioinformatique, spécialisé dans les analyses des données issues de séquenceur de nouvelle génération (NGS). Il a effectué ses études doctorales sous la co-tutelle de Dr. Alia Ben Kahla de l’Institut Pasteur de Tunis et Dr. Christine Brun de l’Inserm à Marseille. Actuellement, il occupe le poste de maître assistant à l’Université de Tunis El Manar et chercheur associé au Laboratoire de BioInformatique, bioMathématiques et bioStatistiques (IPT). Ses principaux axes de recherche portent sur les interactions hôte-pathogène et ce à travers les réseaux d’interaction protéine-protéine, les analyses de données de RNAseq ou de données méta-génomiques et ce pour différentes pathologies telles que les leishmanioses, la maladie de Crohn et la tuberculose. Il fait partie du consortium H3ABioNet pour la promotion de la bioinformatique sur le continent africain, et y participe entre autre en tant que formateur.

 

Objectifs du cours

  • Alignement de séquence (simple et multiple)
  • Phylogénie et Phylogéographie
  • Introduction au NGS
  • Initiation au logiciel LINUX et au R

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